Я попытался бы использовать SpinRite из www.grc.com, видеть, может ли он зафиксировать что-то физически плохо или слабый на машине. Походит на типичный spinrite случай мне.
Эта проблема происходит, когда база данных MySQL закрывает постоянное соединение, открытое Вашим приложением для направляющих. Когда Ваше приложение для направляющих остается неактивным в течение долгого времени (> = соединение близкое время, как определено в конфигурации mysql) без запросов, поражающих его, это происходит.
Вы могли бы хотеть увеличить время истечения соединения в mysql настройках - или записать задание крона, чтобы продолжать выбирать некоторую динамическую страницу из приложения для направляющих (так, чтобы направляющие сохранили дескриптор дб новым).