на Ваш первый вопрос не поддерживается репликация системных баз данных.
Относительно Вашей базовой проблемы:
Вы проследили события, которые сказали бы Вам окончательно, что это не включается конечными пользователями? Если это периодически происходит, можно хотеть контролировать/прослеживать, чтобы связанные события удостоверились, что это действительно имеет место. Наиболее распространенная причина позади этого состоит в том, что действительно кто-то добавил эту функциональность в какой-то момент (иногда столь же невинный как просто экспериментирующий с Мастером репликации в SSMS).
После этих слов - был редкий случай, который я видел, где, выполняя DBCC CHECKDB \DBCC CHECKTABLE с потерей данных отметил базу данных для репликации во время фиксации (даже при том, что это не была публикация). Редкая ситуация, таким образом, я думаю, что необходимо проверить более общий сначала (если Вы не делали DBCC CHECKDB\CHECKTABLE с потерей данных недавно).