Не мог войти в систему с Windows Auth на сервере, но может внешне IIS 7

Согласно этому сообщению в списке рассылки ISC, CNAME и запись, на которую это указывает, кэшируются путем разрешения серверов имен (нормальные серверы имен разрешения), это сделано, чтобы позволить сопоставителям мочь оптимизировать разрешение/процесс кэширования на стороне клиента.

Так, если TTL CNAME будет допустим, но то, что он указывает на, недопустимо, то он только повторит взгляд до резкой записи, не исходный CNAME (пока TTL CNAME не произойдет также).