Другая опция состоит в том, чтобы выполнить cronjob или демона, который контролирует размеры базы данных и затем отменяет, вставляют и обновляют полномочия, когда они достигают указанного размера. Один такой инструмент является MySQL Quota Daemon
http://lrem.net/software/mysql-quota-daemon.xhtml
Учет процессов должен помочь отследить, какой процесс загружает систему. В Centos пакет называется psacct.
В Tecmint есть статья о том, как начать учет процессов.