Я не знаю, законно ли это или не, но я отвечаю на свой собственный вопрос, таким образом, ответ там, чтобы другие использовали в будущем.
По некоторым причинам полномочия файла по умолчанию были все установлены на 777 или 666, который вызвал проблемы с ними подаваемый правильно. Путем корректировки полномочий файла к 644, были решены эти проблемы. Конечно, .htaccess AddType также требовался.
Да, хранилище данных можно удалить. Эти файлы являются метаданными, необходимыми для vSAN, которые вы не используете.