Dovecot имеет индекс внутри maildir, где индексируются все сообщения, доставленные через imap. Сообщения, перемещенные вручную, не включаются в индекс, и поэтому они не в порядке.
Все, что вам нужно сделать, - это вручную переиндексировать maildir с помощью утилиты doveadm
:
doveadm index -u username Inbox
Дополнительную информацию можно найти здесь : http://wiki2.dovecot.org/Tools/Doveadm/Index