Репозиторий EPEL предназначен для использования с Red Hat Enterprise Linux и его клонами (например, CentOS, Scientific Linux). Не гарантируется работа с другими дистрибутивами, даже если они используют RPM. Поскольку Amazon Linux не клон RHEL (это был форк , который существенно отличается сегодня) и не гарантированно совместим с пакетами, созданными для RHEL, вот почему он не работает.
Единственное, что вы можете сделать, это удалить репозиторий EPEL или переключиться на дистрибутив, отличный от Amazon Linux.