При необходимости в программном пути существует переменная среды NUMBER_OF_PROCESSORS или существуют интерфейсы WMI. Но поскольку Multiverse сказал, Вы не можете использовать процессор, не проходя ОС, и Диспетчер задач скажет Вам истину.
Не уверенный, почему Вы смущены. Microsoft ясно заявила начиная с выпуска многоядерных процессоров, что они лицензировали СОКЕТ PER, не на ядро (Oracle, (был?) лицензирование на ядро, например).
Сервер 2003 и 2008 оба многоядерный знающий. И R2 2008 года увеличит максимальные поддерживаемые ядра до 256.
Быть Многоядерным знающий означает, что DL580s ДЕЙСТВИТЕЛЬНО видят все соответствующие ядра. Далее, если Вы добавите в гиперпоточности для некоторых более новых центральных процессоров, то Вы будете видеть, например, единственные 4 базовых гиперпоточных CPU появятся к ОС как ВОСЕМЬ процессоров. Диспетчер задач правильно отображает их.
Следует иметь в виду, что доступ к ЦП через ядро - Вы не МОЖЕТЕ "использовать ядра за обратной стороной" Windows.
Что касается определенной сторонней утилиты... Я не знаю ни о какой такой утилите и не видел бы никакой смысл к одному, таким образом, у меня есть сильные сомнения, можно было бы существовать или был бы создан. В любом случае такая утилита должна была бы полагаться на ОС, в этом случае Диспетчер задач добивается цели.