Ваши VHDs были созданы как динамический или фиксированный размер? Если они фиксируются, необходимо смочь преобразовать их в динамический, то выполненный компактное на них для спуска фактического пространства физического диска они используют.
Если Вы хотите уменьшить сумму пространства, хостовая операционная система позволяется, Вы могли бы уменьшить размер раздела на диске или в госте ОС или в использовании утилиты, такой как gparted. Затем при выполнении компактного в Hyper-V на диске он уменьшит физический размер, использовал и не должен расти вне размера раздела, так как гость не будет использовать пространство, которое Вы удалили из раздела.