Proxmox поддерживает ssh-ключи для входа на хост и в гостевую систему?

Если вы просите использовать ключи ssh для подключения к SSH: Да, конечно. Хост и Гости - это стандартная операционная система со стандартным пакетом SSH, так что вы можете обезопасить её с помощью ключей ssh.

Если вы просите использовать ключи ssh для защиты веб-доступа к хост-интерфейсу: Нет, это невозможно, но вы можете использовать двухфакторную авторизацию с помощью аутентификатора Google.