Да, используйте Xen или KVM.
Однако, если необходимо использовать VMware ESX, ESXI или Vfail; рассмотрите проверку
На Debian я существуют различные php ini файлы для cli двоичного файла и mod_php в апаче.
взгляните конфигурационные файлы в/etc/php5/
у Вас должны быть /etc/php5/cli/php.ini и /etc/php5/apache2/php.ini
возможно, что материал ioncube_loader_lin_5.2.so только присутствует в ini файле для apache2.
Кого задание крона выполняет как? Это - вероятно, проблема переменной среды. Проверьте, что переменные с ENV между пользовательским кроном работают как (вероятно, корень) и пользователь, Вы регулярно запускаете программу как.