Действительно ли xdebug совместим с заказной установкой php 5.3?

Где Вы получали свою пользовательскую версию php, Вы создавали это сами? Необходимо будет, вероятно, создать пользовательский php5-xdebug пакет также. При создании собственного php, должно быть довольно легко получить исходный пакет для xdebug и восстановить его против пользовательского php.