Вы видите базу данных и/или события роста журнала? Такие события обнаружились бы в ERRORLOG и в счетчиках производительности.
Изолированный FTP обычно требует ДОМЕНА как первой части "пользовательской доли" - касательно: http://learn.iis.net/page.aspx/305/configuring-ftp-75-user-isolation/
Для создания корневых каталогов для каждого пользователя сначала необходимо создать физический каталог под корневой папкой FTP-сервера, которую называют в честь домена или называют LocalUser для учетных записей локального пользователя. Затем, необходимо создать физический каталог для каждой учетной записи пользователя, которая получит доступ FTP-сайту.
%FtpRoot%\LocalUser\%UserName% (non-domain)
%FtpRoot%\%UserDomain%\%UserName% (domain)
Вы установили соответствующие полномочия на пользовательские каталоги и корне? Соответствующие полномочия + изолированный режим обычно являются способом сделать это.