Начиная с удаления файла, что процесс имеет открытый дескриптор файла на листах файл там, пока дескриптор не закрывается, Вы могли просто удалить их сразу, и когда Apache закроет файл, это будет удалено из диска.
Нет, Netem является системой Linux. Это не будет работать над Windows.
Однако то, что можно сделать, установить Netem ona поле Linux и использование, что как маршрутизатор - Вы получаете лучшие результаты, поскольку Вы не влияете на свои машины Windows вообще, но netem устройство ограничивает Ваш сетевой трафик точно так же, как Вы вошли бы в реальную среду WAN.
С другой стороны, используйте wanem, который является livecd (настолько автономный и легкий настроить) эмулятора сети netem-стиля.