О каких серьезных недостатках Вы услышали? Основной проблемой с виртуализацией Windows 2000 является то, что W2K не поддерживает VSS, что означает, что Вы не можете сделать P2V онлайн... необходимо завершить работу его для виртуализации сервера. Это - ограничение ОС и не предел платформы виртуализации, хотя, и относится и к Hyper-V и к VMware.
Я нашел, что это от tribox форума по Google ищет http://www.trixbox.org/forums/trixbox-forums/trixbox-projects/backup-and-restore
Я использую Acronis True Image для клонирования системы. Может потерять некоторые возрастающие настройки, но мы регистрируем их, и вся речевая почта отправляется в электронную почту. Не прекрасный, но лучше чем ничего!