Снимки LVM из ответа Richard Bronosky будут всегда работать. Если все Ваши таблицы являются innoDB, можно сойти с рук mysqldump - единственная транзакция - все-базы данных.
Резервные копии стиля дампа занимают меньше места, но обычно медленнее для восстановления, потому что индексы должны быть воссозданы. Выберите свой яд ;)