Вы не упоминаете гипервизор, но какой бы ни Вы имеете дело со стараться не напрасно сверхвыделить vCPUs - причина состоит в том, что гипервизор не позволит VM выполнять ЛЮБОЙ код, пока ВСЕ присвоенные vCPUs не будут готовы - это означает, что Ваш VM может сидеться без дела для огромного количества времени - просто присваивают то, в чем Вы нуждаетесь, легко добавить позже.
О, и что касается Вашего вопроса, если у Вас есть выбор всегда, выделяют ядра и потоки в корректной пропорции к Вашим фактическим аппаратным средствам хоста - т.е. в этом случае дают ему два ядра с четырьмя потоками, не четыре ядра или четыре потока - современные гостевые инструменты будут знать, как лучше всего использовать их, если описано более точно.
То же как запуск приложения на реальной машине с гиперпоточностью, ответ зависит от приложения, и иногда еще больше о том, как приложение используется. С SQL Server MS, например, некоторые базы данных извлекают выгоду чрезвычайно из гиперпоточности, и некоторые работают хуже.
Лучшая вещь сделать попробовать его оба пути, если это возможно, установить некоторые сравнительные тесты и видеть, каковы результаты реального мира.