Да, можно использовать несколько экземпляров базы данных SQL Server для хостинга баз данных единственной фермы. Я видел клиентов, которые выделяют базы данных содержания (collab сайты, MySites) к экземпляру, отдельному от того, размещающего их базу данных конфигурации, базы данных SSP, и т.д.
Можно даже разделить базы данных содержания через экземпляры также.
Это в основном сводится к определению надлежащего сервера и имени экземпляра при создании базы данных.
John