Как я указал бы конкретный settings.py файл в wsgi файле?

http://code.google.com/p/modwsgi/wiki/IntegrationWithDjango

при использовании виртуальной среды добавленный путь должен соответствовать виртуальной среде. Вы могли бы также смотреть на:

http://blog.dscpl.com.au/2010/03/improved-wsgi-script-for-use-with.html

который имеет несколько измененный сценарий, который я предпочитаю.