Кроме того, к Manni:
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/dir/
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]
и канава два правила, которые Вы добавили (принятие я понял проблему правильно), и удаляет RewriteEngine из защищенного .htaccess.
Даже если я считаю это безопасным к моей продуктивной среде (я еще не имею, все еще оценивая и тестируя), который не означает, что безопасно относиться к Вашей среде. Создайте тестовую среду, и проверка была бы моим советом.
Я установил его на нашем 1 живом производстве Exchange Server и до сих пор никакие проблемы, которые я могу сказать. Из Office настройки все еще иногда не обновляются с актуальнейшей информацией, когда клиент включает его, но кроме тот никакие явные проблемы.