я удивлен, что maatkit еще не был упомянут. это не обеспечивает воображения gui приложения, вместо этого это дает dba набор инструментов командной строки, которые могут использоваться, чтобы проанализировать журналы mysql, разность и синхронизировать содержание баз данных, выполнить более быстрые дампы базы данных [путем выполнения параллельных запросов]. можно читать больше здесь.
другой полезный инструмент - xtrabackup - бесплатное и горячее резервное копирование с открытым исходным кодом innodb баз данных.