Хорошо.. проблема оказалась установкой сервера и мной не изменение конфигурации на правильном сервере ;-)
Для кого-либо еще, кто мог бы наткнуться на это, правильный подход должен был изменить конфигурацию в/opt/zimbra/conf/spamassassin/local.cf и перезапустить amavis, использующий zmamavisdctl, останавливаются и запускаются.
Обновление для Zimbra 8.5+ Согласно документации (и моим тестам) файл теперь находится в: / opt / zimbra / data / spamassassin / localrules /