Если Вы не можете (или не хотеть к), перезагружают сервер, необходимо отложить установку обновления на том, когда можно безопасно перезагрузить ее.
Вы никогда не должны устанавливать обновления, которые требуют перезагрузок, на самом деле не перезагружая машину; это оставляет систему в непоследовательном состоянии, и у Вас может быть любой вид проблем, пока перезагрузка наконец не сделана.
Версия pthreads тесно связана с версией glibc в системе, и обновляющий glibc на CentOS неосуществимо. Вы можете восстанавливать pthreads от более новой версии glibc, но я не могу рекомендовать это.