Попытайтесь выполнить ntpdate на непривилегированном порте (в случае, если Вы выполняете ntpd), иначе он откажется, вносят любые изменения.
ntpdate -u ntp0.cs.mu.oz.au
Используйте свой клиент FTP (FileZilla, например) для установки полномочий на каталоге загрузок к доступу для записи.
Самый безопасный путь состоит в том, чтобы использовать setfacl чтобы позволить Вам и Вы - веб-сервер, чтобы иметь полномочия записи к тому каталогу.
setfacl
