На основе документации здесь, устанавливая ПУТЬ К КЛАССУ будет проигнорирован котом init сценарий. Кроме того, нет действительно никакого способа обмануть Tomcat во взгляд в другом месте, если Вы не хотите добавить его к одному из других каталогов, упомянутых на aforementione dpage.
Как обычно с веб-приложениями Java, вопрос: почему? Если Вы используете стороннее приложение, и Вы хотите переопределить банку - хорошо, Вы могли бы также просто восстановить ухо при использовании собственного приложения то восстановление приложения (говорят, если Вы хотите одну библиотеку для dev и другого для напоминания) является "Java путь".
Это об этом о том, как Вы собираетесь заставить его произойти. На № 2 при создании собственного warball и он автораспаковывает, затем добавляют его там, не в прямой файловой системе.