Согласно Основным принципам NLB FAQ (http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc738464%28WS.10%29.aspx) это не балансирует ЦП или использование памяти, а скорее сетевую нагрузку, и доступность (уничтожьте сервер, другой вступает во владение).
Возможно, это - то, с чем Вы сталкиваетесь?