у Вас есть фундаментальная проблема в Вашей кластерной структуре. Mysql, кластеризирующемуся, нужны 3 сервера. Предположим, что провод, подключающий эти 2 сервера, перерезан, но обе машины все еще работают. Если они оба продолжат работать, то они будут получать различные данные и вне синхронизации.
Таким образом с 2 машинами они оба должны завершить работу для предотвращения сценария мозга разделения, где каждый узел в кластере имеет различные данные.
Можно добавить третью машину, которая выполняет только узел управления (который берет ограниченные ресурсы), который работает с узлами данных, чтобы решить, как обработать отказ. Если узел управления уйдет, но оба узла данных все еще работают, то они продолжат работать.
Вот инструкции для 2 узлов данных + 1 конфигурация узла управления: http://dev.mysql.com/tech-resources/articles/mysql-cluster-for-two-servers.html
Я подозреваю, что различие заключается в различиях в разрешении даты, как сообщается Samba и, как сохранено в файловой системе. Могло случиться так, что Samba является отчетными датами с обнуленными микросекундами, где файловая система хранит микросекунды и заботу о xcopy/robocopy об этом. Не взламывая сниффера я не могу доказать его, но это - предположение.
Samba map archive
и create mask
опции управляют, хранится ли архивный бит. Они, возможно, были frobbed/disabled из соображений безопасности.