У Вас случайно есть больше чем одно веб-приложение.NET, работающее в том пуле приложений, предназначающемся для различных версий платформы? Если так, создайте новый пул приложений так, чтобы у Вас были различные пулы приложений для приложений, которые предназначаются для различных версий платформы.