Если Вы хотите объединить и stdout и stderr в перенаправлении, попытайтесь использовать 2>&1, как в:
2>&1
make > make.log 2>&1
Какую версию Гудзона Вы используете? Это, кажется, известная ошибка в определенных версиях Гудзона:
https://hudson.dev.java.net/changelog.html (Зафиксированный в v1.380)