Ядро Xen не видит 2 диска 6 из 1 ТБ, оно имеет ограничение?

Кроме дисков, не смонтированных, они даже замечают ядром? Проверьте вывод dmesg для наблюдения, о сколько дисков сообщает BIOS. Я встретился с этой проблемой пару раз в прошлом, я могу признать, что забыл проверять настройки BIOS или материнской платы или контроллера, и также у меня были жесткие диски, которые не были усажены, правильно ведут себя как это.

Если о них сообщают в BIOS, и dmesg берет их при начальной загрузке, у них есть допустимые разделы/файловые системы на них, у них есть соответствующие/etc/fstab записи?

Вы подозреваете, что ядро Xen имеет некоторое отношение к этому при начальной загрузке системы со стандартным ядром, Вы видите диски?