Как я могу транскодировать видео FLV непосредственно к mp3 на CentOS?

Во-первых, ffmpeg предпочтительный инструмент для этого. Это интенсивно ЦП, потому что это - природа кодирования видео или аудио.

Можно просто разорвать поток (предполагающий, что исходное mp3 аудио находится в потоке) от дорожки, и сохраните его. Я использовал это bash отрывок прежде для каталогов *.flv файлы:

#!/bin/bash
for i in *.flv; 
    do ffmpeg -i "$i" -acodec copy `basename $i .flv`-`date +%H%M%S%N`.mp3; 
done

Если поток не находится исходно в mp3 формате, необходимо повторно закодировать. Или возможно Вы хотите другую скорость передачи и т.д. Эта задача определенно использует больше ЦП, чем первый:

ffmpeg -i "$file" -f mp3 -vn -acodec libmp3lame -ab 192 `basename $file .flv`-`date +%H%M%S%N`.mp3; 

править: ограничить одним ядром: taskset 1 ffmpeg <rest of args> -- taskset часть util-linux пакет в системах Debian. Можно также хотеть renice процесс, устанавливая его приоритетное значение к чему-то в положительном диапазоне (звучит назад, но ниже nice оцените = больше процессорного времени). Как всегда, man taskset, man renice, man nice.

Это - то, как Вы делаете то, что Вы хотите сделать с ffmpeg от оболочки - реализующий в PHP, оставлен как осуществление для читателя.