Я скажу, что это действительно не имеет значения, какой Вы выбираете. Я думаю, что SQL Server MS является самым легким использовать и понять из-за инструментов, но MySQL/PostgreSQL поправляются все время. Это могло бы даже быть столь же хорошо теперь.
Выберите тот, который наиболее тесно соответствует Вашему опыту и навыкам. Или навыки друзей, которых Вы позвоните, если у Вас будут проблемы.
Для программ и Visio и Диаметр являются прекрасными кандидатами. Но в то время как Вы в нем, прочитайте также Документацию, Пишущую для Системных администраторов (Это находится позади paywall хотя).
Или если Вы предпочли бы использовать бесплатное программное обеспечение, чтобы сделать Вашу документацию, попробуйте Диаметр; это имеет и Linux и версии Windows.
Изучите Microsoft Visio, существует много учебных руководств там, чтобы изучить, как использовать его.
Проверьте http://www.gliffy.com, я использовал это на больших проектах, потому что это допускает совместную работу над схемой.
Даже если у Вас нет работы в команде на рисунке, это - действительно прохладная альтернатива M$ Vi$io
Сайт является несколько издевательским, но можно проверить "Уровень Мой Сетевой график" (http://www.ratemynetworkdiagram.com/index2.php) для многих примеров всех видов различных сетей.