Если Вы просто захотите сохранить удаленную копию файла затем с помощью чего-то на основе rsync, то будет, вероятно, работать на Вас. Rsync только копирует части файла, которые изменились так, он может уменьшить объем данных, который Вы имеете скопировать.
можно также дать rdiff-резервному-копированию попытку. это имеет версию для окон также.
я использую его для ночных резервных копий [всего] немногих сотен ГБ данных.
Я предлагаю rsync. Это - стандартный инструмент для этого вида вещи, и я заключаю, что это работает над Windows также.