Последний файл, который называют в процессе начальной загрузки, является файлом, названным/etc/rc.local. Что-либо, что Вы поместите в тот файл, будет выполнено в конце процесса начальной загрузки.
Одним примером для руководства для этого является http://www.netbsd.org/docs/guide/en/chap-rc.html
Если у Вас есть (исправленный) дополнительный исходный код локально, можно обойти PECL полностью:
# cd extension_dir
# phpize
# ./configure
# make
# make install
(phpize
двоичный файл, который идет с PHP - Он готовит расширение, которое будет скомпилировано, остальное довольно просто).