Я обычно предпочитаю использовать интерфейс командной строки. Так, я использую apt-get
удалить/установить пакеты.
Можно попытаться удалить mysql сервер включая конфигурационные файлы
$ sudo apt-get --force-yes purge mysql-server
Можно затем попытаться установить его
$ sudo apt-get install mysql-server