У меня есть та же самая установка.
Насколько я могу фигурировать, нет никакого способа синхронизировать существующие электронные письма, ли в подпапке или в надлежащем ЯЩИКЕ ВХОДЯЩИХ СООБЩЕНИЙ. BES будет только иметь дело с электронными письмами, с которыми он встречается после того, как синхронизация запускается.
Если Вы "Регистрируете" электронное письмо в другую папку от Blackberry, тем не менее, он определенно перемещен в Exchange Server.