С моей точки зрения это смотрит, как будто файл "modules-2.6.31-20-server-amd64.tar.bz2" был поставлен под угрозу. Имя указывает, что используется во время части начальной загрузки пространства пользователя. Вы могли или попытаться повторно загрузить изображение сервера для своего vps или попробовать к download-fix-reupload файл: после беглого взгляда в их ссылку я думаю instance storage peekfs get
была бы соответствующая команда.
Мое предположение было бы то, что или устройство хранения данных VP или изображение сервера (возможно во время передачи), возможно, были поставлены под угрозу. Другой возможной причиной могло быть неудавшееся обновление Вашего ядра, которое заставило архивирование Вашего файла модулей перестать работать.