Принятие Вашего сервера ISA направляет между подсетями, самый легкий метод должен дать восходящий адрес (адреса) сервера DNS меньшей подсети (или через DHCP или статически), установить ISA как шлюз по умолчанию для клиентов и позволить им просто запросить вышестоящий сервер непосредственно.
Другая альтернатива должна установить сервер DNS MS на сервере ISA и иметь его, рекурсивно вызывают к вышестоящим серверам (т.е. выполните кэширующийся сервер DNS на поле ISA).