Исключая nagios каталог от Основного Автора, который установлен для корневого каталога

Попытайтесь использовать директиву "Каталога" вместо директивы "Местоположения". Местоположения имеют тенденцию иметь более широкий объем, который делает мелкомодульное управление более трудным.