Я не знаю ни о каких проблемах с тем, что Вы надеетесь делать. Вы хотите, чтобы Ваша AD топология сайта описала Вашу топологию физической сети точно.
Если компьютеры контроллера домена будут перемещаться в новый сайт, необходимо будет переместить их компьютерные объекты в консоль "Active Directory Sites and Services". Клиентские компьютеры и рядовые серверы будут незатронуты.
Exchange 2003 будет незатронут.
Exchange 2007 направляет трафик межсервера на основе AD топологии сайта. Если Вы оставите местоположение компьютера Exchange Server в покое то не будет никакого эффекта.
да я полагаю, что CC является отдельным от SC, и оба могут быть установлены на отдельных машинах. Установщик как показано на https://help.ubuntu.com/community/UEC/CDInstall на неродных 4 шоу, как CC и SC являются абсолютно отдельными ролями