Я думаю, что большая часть любой опции будет "ручным материалом". Под UNIX это довольно стандартно для размонтированного/повторно монтирования устройства перед каждым контрольным прогоном, часто с "newfs", добавленным в придачу. Я не знаю, можно ли использовать инструменты командной строки в соответствии с Windows для размонтированного/монтирования устройств, но если бы автоматизация является целью, то стоило бы искать такие утилиты.
Althuogh это прекрасные вопросы, которые Вы задаете, реальная первопричина этого, был заполняющейся файловой системой. Это - проблема, которую необходимо решить:
Если первичная функция этой машины является сервером базы данных, база данных MySQL должна быть на своем собственном разделе. Если это - просто вторичная функция, по крайней мере удостоверьтесь, что / var выключен на своем собственном разделе (или базовый каталог того, везде, где Ваш каталог данных MySQL). Вы не должны мочь разрушить MySQL путем добавления файлов к / домой или /
Вы должны быть предупреждены к файловым системам, которые добираются слишком близко к тому, чтобы быть полным. Nagios или hyperic могут сделать это для Вас и большого количества других проверок работоспособности и предупреждений, которые могут предупредить Вас к потенциальным опасностям.
Для файловой системы это должно быть обработано автоматически при использовании файловой системы журналирования.
Для Mysql можно использовать, оптимизируют и восстанавливают таблицу mysql команды, но необходимо быть осторожными, поскольку эти команды могут занять много времени, и они требуют блокировки таблицы. Можно посмотреть на mysql документацию для большего количества информации.