Это действительно зависит от природы Вашего приложения. Вообще говоря, я рекомендовал бы придерживаться Fedora из-за их превосходного управления пакетом и цикла выпуска.
Если Вы выбираете OS с хорошей историей управления пакетом, добавление, что дополнительные серверы становятся этим намного легче.
Вы изучили FreeIPA уже? Это - проект Redhat для мягкой фетровой шляпы, но это делает точно, что Вы ищете. Можно ли использовать сервер Fedora вместо Ubuntu один? Раз так это будет заботиться о материале для Вас.
Я устанавливаю сервер Ubuntu и клиентскую установку здесь, мне жаль, что я не использовал FreeIPA вместо этого. Если можно настроить рабочие столы Ubuntu для отделываний от LDAP / установка Kerberos, можно сделать, идут вразрез со стеком FreeIPA также, его просто больше работы затем с помощью Fedora для обеих сторон.