К содержанию cmd.sh:
whoami
touch dummy.txt
Добавьте:
pwd
Я подозреваю, что, когда пользователь "посещение" запускает скрипт с sudo, это не работает в каталоге, Вы думаете, что это. Вы решили бы это путем передачи полного пути команде tuuch, например,
touch /home/admin/dummy.txt
Попробуйте удалить лишнюю косую черту из fastcgi_param SCRIPT_FILENAME, чтобы строка была такой:
/home/me/public_html/domain2/public$fastcgi_script_name;