Если сервер диска D Win2003 важен (хотя он походит, не то, если бы Вы - двойная загрузка он), затем, я настоятельно рекомендовал бы делать клон из него прежде, чем смешать с ним.
Это кажется на физическое разъединение диска D при установке Win2008? Это был мой опыт с Windows 7 что, если существует второй диск/ОС в ПК на установке, что это добавляет это к меню начальной загрузки.
Я испытал затруднения, заставив BCEdit работать правильно иногда. Можно найти, что переустановка Windows 2008 с другим доступным диском может позволить Вам двойной загрузке.