Насколько точный крон?
Честно любой должен работать прекрасный. Apache был бы также, намного лучше затем, что большинство людей дает ему кредит на, после того как некоторые функции по умолчанию выключены (.htaccess быть худшим), это прекрасно, и с mod_php и хороший кэш кода операции, вероятно, быстрее затем наивная конфигурация других.
У меня были сценарии крона, что по некоторым причинам или другой, должен был произвести время, и я видел, что они иногда поздняя секунда (только когда-либо разысканный к второму). Я не знаю, происходит ли это из-за Крона или из-за вариаций в том, сколько времени он берет, чтобы загрузить и выполнить сценарий. Я предполагаю, что это и то и другое. Так или иначе, полагаясь на запрос SQL для выполнения в ту же самую микросекунду, не собирается работать.
У Вас может быть свой сценарий Python, получают текущее время и затем вокруг него самый близкий интервал с 5 минутами. Например, если это получает текущее время как 0:05:03.123, просто отбросьте секунды и запрос на основе 0:05:00 и назад к 0:00:00.
Или это или Вы могли записать метку времени последней записи и затем в следующий раз запрос с текущего времени назад к той метке времени.
Править: удаленный первое предложение второго абзаца - это действительно не имело смысла там.