Apache не загружает/работает - даже с htaccess аутентификацией

rsync почти всегда лучший ответ для передач файлов. Это известно прежде всего своими дифференциальными передачами оптимизации (большой, когда у Вас уже есть подобный файл или каталог), но это щедро контрольные суммы каждый шаг передач.