Если Вы работаете на RHEL5, то использование virt-менеджера, virsh, и других libvirt-связанных инструментов является действительно корректным подходом. Вы не хотите редактировать те файлы Xen в/var/lib/xend/domains; позвольте Xen управлять вещами самостоятельно.
libvirt управляет базой данных конфигурации где-нибудь в / var для Вас и использовании virsh edit
можно изменить конфигурацию виртуальной машины.
Другой позитивный аспект к этому подходу является тем, что при переключении платформ виртуализации (например, к KVM, когда RHEL6 выпущен), рабочий процесс с virt-менеджером не будет затронут.
CentOS не учел MySQLND их сборки. Необходимо найти некоторый репозиторий сторонних производителей, где php5-mysqlnd компилируется. Например, Remis один