функция сенсорной перезагрузки uWSGI, не работающая с 100% ЦП

смотрите на это как начальная точка: http://tomcat.apache.org/tomcat-5.5-doc/config/host.html

Кажется, что необходимо измениться на log4j и настроить его там.

Если Вы только хотите различные журналы доступа, это является действительно прямым: http://tomcat.apache.org/tomcat-5.5-doc/config/valve.html

Я не попробовал его виртуальными хостами один, я использую различные экземпляры.