Это странный, что это изменяет разрешение на файлах, которые уже существуют, если Windows не воссоздает файлы по некоторым причинам. Вы могли попытаться добавить следующее к своему smb.conf под соответствующей долей для принуждения полномочий на чем-либо, что Windows создает -
создайте маску = 0644
маска каталога = 0755
Согласно документам Samba значение по умолчанию 0744, который соответствует тому, что устанавливается на файлах, которые Вы изменили из Windows.