Используйте именованный канал.
mkfifo mysql_pipe gzip -9 -c < mysql_pipe > name_of_dump.gz & mysqldump database > mysql_pipe rm mysql_pipe
Я использую все это время, it'a потрясающий.
http://en.wikipedia.org/wiki/Named_pipe
Приложение .NET? Если так, .NET выделяет одну "кучу" на процессор.